(1)中風及週邊血栓:心房顫動下的心房,血流也是不規則的,甚至會產生血液滯留。就像是一灘死水會長苔一樣,心房顫動下的心房血液容易凝固成血塊。血塊或稱作血栓,一旦離開心臟,經由血管運送到各器官,就會在血塊落腳處造成該器官的血管栓塞。若是血塊栓塞發生在腦血管,就產生中風。若血栓塞住身體其它器官,例如脾臟、腎臟、小腸,也會造成局部器官壞死。當四肢的血管被血塊塞住了,那便會造成肢體末端的壞疽,嚴重者甚至要截肢。
(2)心衰竭: 心房顫動如果沒有好好控制,讓心臟一直跳得很快、很亂的話,心臟肌肉容易產生病變,而造成收縮力下降與心臟擴大的後遺症。此時,患者活動時會產生氣促、無力、疲倦的現象。當心臟更進一步衰竭之後,不僅生活到處受限制,也可能產生休克與昏迷。